Berdasarkan Pasal 49 Ayat 1 Undang-Undang Nomor 41 Tahun 2004 tentang Wakaf, BWI mempunyai tugas dan wewenang sebagai berikut:

1. Melakukan pembinaan terhadap nazhir dalam me-ngelola dan mengembangkan harta benda wakaf.

2. Melakukan pengelolaan dan pengembangan harta benda wakaf berskala nasional dan internasional.

3. Memberikan persetujuan dan atau izin atas perubahan peruntukan dan status harta benda wakaf.

4. Memberhentikan dan mengganti nazhir.

5. Memberikan persetujuan atas penukaran harta benda wakaf.

6. Memberikan saran dan pertimbangan kepada Pemerintah dalam penyusunan kebijakan di bidang perwakafan.

Kemudian, melalui Peraturan BWI Nomor 1 Tahun 2007 tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan Wakaf Indonesia, BWI menjabarkan tugas dan wewenangnya sebagai berikut: